完成了统一后，申凯正心心念念的就是剿灭趁着他北伐之际，在他后方肆意发展壮大的红党。

从北平返回金陵，申凯正在昔日的总统府中，向全国宣布正式就任国民政府主席后，顾不得让疲乏不堪的大军多作休整，当即点齐兵马准备南下。

在申凯正指挥大军南下之时，占据了湘鄂两省之地的红党自然不会坐以待毙，很快跟其他各省的党组织取得联系，共同发动了武装起义。

先是湘、鄂、粤、赣四省掀起了反申浪潮，紧接着北方的冀省也在李守常的带领下，发动了起义。

在冀省默默耕耘了近十年，并且逃过了军阀势力暗杀的李守常，靠着林知言不断输送的武器和资金，于冀省也拉起了一支近十万人的农工革命队伍。

这让尚未彻底掌控北方的申凯正，很快就失去了对冀省的控制。

随着李守常在冀省掀起起义，同样建立了根据地的晋省和鲁省也应声而起。

就在申凯正被全国各地此起彼伏的起义弄得焦头烂额之际，被他派往湘鄂剿灭红党的主力部队之一，刚参加完北伐战争的国民革命军陆军独立第五师，也在受到红色思想影响的彭清等将领的领导下，举行了起义。

在彭清的带领下，不仅就地将起义部队改编为工农革命军第四军，还掉头攻打起其他南下‘剿匪’的国民军，一时间令国民军内部陷入大乱。

深深感受到了‘天下何人不通赤’的申凯正，这下子再也坐不住了。

有了彭清这个前国民军高级将领的反叛，让申凯正对其他国民军将领，根本无法付诸信任。

尤其是在一次演讲时，险些被身边潜伏的赤色分子暗杀后，申凯正在清剿红党的同时，也再次开启了对党内的大清洗。

之后的两年里，不断清洗党内的申凯正，对红党的围剿并不顺利。

不仅没能打压掉红党的发展势头，反而让红党吸引了更多中底层群众的支持。

在此期间，申凯正对党内清洗的后遗症也开始爆发。

不满申凯正借着清洗排除异己，大权独揽的汪集新，为了跟申凯正争夺中央统治权，联合闫百川、冯善继、李德林等地方实力派，发起了反对申凯正统治的内战。

虽然这场内战只用了不到半年就平被息了下来，但为了镇压这些地方实力派的反抗，申凯正同样付出了极大的代价。